1963 Tarihinde Sağlık İstasyonu olarak kurulmuştur. 1975 Tarihinde Dispanser olarak hizmet vermeye başlamıştır. 1983 yılı Temmuz ayında Şanlıurfa SSK Hastanesi olarak 150 yatak kapasitesi ile faaliyetine devam etmiştir.

Yataklı servis binasına ilaveten inşaatına 1991 yılında başlayan ek poliklinik binası 5 kat olarak fiilen 1994 yılında poliklinik hizmeti vermeye başlamıştır.

2005 Tarih ve 5283 sayılı Bazı Kamu Kurum ve Kuruluşlarına ait Sağlık Tesislerinin Sağlık Bakanlıklığına Devredilmesine Dair Kanun uyarınca, Şanlıurfa Balıklıgöl Devlet Hastanesi adını alarak halen çalışmalarına devam etmektedir.

Eyyübiye semt poliklinigimiz 2009 yılında Poliklinik hizmetleri vermeye başlamıştır. Hastanemizde yapılan tahlil ve röntgen hizmetlerini aynısı Eyyübiye semt polikiliniginde de yapılmaktadır.